• 통상의 특허출원
• 분할출원
• 변경출원
• 실용신안등록에 기초한 특허출원
• 외국어 서면출원
• 우선권 주장 출원 (국내우선권 주장 출원과 파리 조약에 의한 우선권 주장 출원)
• PCT(특허협력조약:Patent Coporation Treaty)에 따라 국내단계진입

(1) 일본 출원서류의 구성
일본 특허출원을 위해서는, 특허 출원서, 특허청구의 범위, 명세서, 도면 (화합물의 합성방법와 같이 도면이 필요하지 않은 경우에는 제외), 요약서등 5가지의 서류를 각 1통씩 작성하여 제출하여야 한다.

<일본 특허 출원서류의 구성도>

(1) 출원서류의 제출 
일본 특허 출원서류를 특허청에 제출하는 방법은 PC를 이용한 전자출원과 서면에 의한 출원으로 나뉠 수 있다. 

- 전자출원의 경우: 

• 대학, 연구소, 개인의 PC를 이용하여 제출하는 방법

• 발명협회지부에 설치된 공동이용단말기를 이용하여 제출하는 방법, 

- 서면출원의 경우: 

• 우편에 의해 송부하는 방법

• 특허청의 창구에 직접 방문하여 제출하는 방법

(2) 수수료의 납부
일본에서 특허 출원서류를 제출할 때에는 정해진 소정의 수수료도 함께 납부하여야 한다. 수수료를 납부하는 방법은 다음의 4가지 방법 중 어느 것에 의하더라도 무방하다.

• 특허인지(特許印紙)에 의한 납부 (단, 전자출원의 경우에는 불가능)

• 국고금 납부서를 이용한 현금납부

• 예납제도를 이용한 납부(제1절의 수수료 납부방법 참조)

• 인터넷 뱅킹을 이용한 납부

(3) 첨부서류의 제출
경우에 따라서추가로 제출해야 하는 서류가 있을 수 있다.

• 대리인을 선임한 경우에는 위임장을 제출, 

• 파리조약에 의한 우선권을 주장한 경우에는 우선권 증명서류를 제출

이러한 첨부서류는 물론 출원서류와 동시에 제출할 수 있으나, 동시에 제출하지 못한 경우에는 출원서류의 제출 후에라도 제출하여야 한다.

(1) 분할출원
분할출원은 다음과 같은 기간에만 출원할 수 있다는 점에 유의해야 한다.

• 출원 후 최초의 거절이유통지 前 또는 특허사정의 등본 송달 前

• 최초의 거절이유통지를 받은 경우, 그에 대한 응답기간 內

• 최후의 거절이유통지를 받은 경우, 그에 대한 응답기간 內

• 거절사정된 후 이에 불복하여 심판을 청구한 경우에, 그 청구일로부터 30일 內

(2) 변경출원
변경출원 다음과 같은 기간에만 출원할 수 있다는 점에 유의해야 한다.

• 실용신안등록출원으로부터 특허출원으로 변경하는 경우: 실용신안등록출원일로부터 3년 내

• 디자인등록출원으로부터 특허출원으로 변경하는 경우: 디자인등록출원일로부터 3년 내이면서 거절사정등본의 송달일로부터 30일이 경과하기 전

(3) 실용신안등록에 기초한 특허출원
실용신안등록출원이 등록된 후에도, 이것에 기초하여 특허출원을 하는 것이 인정된다.  

특허출원의 제출가능한 기간:

• 실용신안등록출원일로부터 3년이 경과하기 전

• 실용신안등록권리자가 실용신안 기술평가의 청구를 하기 전

• 제3자가 실용신안 기술평가를 청구한 때에, 그 청구의 최초의 통지를 받은 날로부터 30일이 경과하기 전

• 실용신안등록 무효심판에 대해 최초로 지정된 기간을 경과하기 전

(4) 외국어 서면출원

• 외국어 서면출원은 일본어로 작성된 출원서에, 명세서, 특허청구의 범위의 기재사항을 외국으로 기재한 서면 및 필요한 도면을 포함하는 외국어 서면과 요약서를 외국어로 기재한 외국어 요약서면을 출원서류로서 제출해야 한다. 

• 또한, 파리조약에 의한 우선권을 수반하는 출원의 경우에는 우선일로부터 1년 4개월 내에 우선권 증명서류를 제출하여야만 출원일의 소급효를 인정받을 수 있다. 다만, 일본 특허청은 한국 특허청과 상호간에 전자정보를 교환하고 있으므로, 한국에서의 출원을 기초출원으로 하는 경우에는 우선권 증명서류의 제출을 생략할 수 있다.

(6) PCT 국내단계 진입

• 국제출원에서 일본을 지정국으로 한 경우에, 국제출원의 우선일로부터 30개월 내에 국내서면과 함께 번역문을 제출하여야 한다. 단, 국내서면 제출기간의 만료 전 2개월부터 만료일까지의 사이에 국내서면을 제출한 경우에는 그 국내서면의 제출일로부터 2개월 내에 번역문을 제출할 수 있다.

(7) 신규성 상실의 예외 규정을 적용받기 위한 출원

• 원칙적으로 출원일 전에 그 발명이 공연히 실시되거나 반포된 간행물에 개시되면 신규성을 상실하여 특허를 받을 수 없다. 다만, 예외적으로 시험을 하거나 간행물에 발표하거나, 전기통신회선을 통해 발표하거나, 특허청장관이 지정한 학술단체가 개최한 연구집회에서 문서로 발표하거나, 특허청장관이 정한 전람회에 출품한 경우에, 그로 인해 신규성을 상실한 날로부터 6개월 내에 출원하면 구제받을 수 있다. 다만, 이때에는 그 출원일로부터 30일 내에 증명서를 제출하여야 한다. 이 증명서는 전자출원인 경우에라도 온라인으로 제출할 수 없으므로, 그 서면을 기간 내에 제출하여야 한다.